Die ersten Juden auf heute burgenländischem Gebiet sind für das 13. Jahrhundert nachweisbar. Nach ihrer Vertreibung aus der Steiermark und Kärnten 1496 unter Kaiser Maximilian I. und aus Ödenburg und anderen ungarischen Städten nach der Schlacht von Mohács1526, fanden viele Vertriebene Zuflucht auf westungarischem, heute burgenländischem Gebiet.
Die Geschichte der Juden im Burgenland nahm in der österreichischen Geschichte des Judentums eine Sonderstellung ein. Dies lag an der besonderen geographischen Lage dieses Bundeslandes, dessen Geschichte als Teil Westungarns sich somit unter anderen politischen Rahmenbedingungen entwickeln konnte als jene des Restes von Österreich. Für die jüdische Geschichte hatte dies zur Konsequenz, dass im Burgenland Juden in zehn Gemeinden über drei Jahrhunderte hinweg in relativer Ruhe leben konnten, während sie im österreichischen Teil der Habsburgermonarchie immer wieder Vertreibungen und anderen Schikanen ausgesetzt waren.
Das blühende Leben in diesen Gemeinden endete jäh im Jahre 1938 nach dem Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich. Von den etwa 4.000 burgenländischen Juden fiel ungefähr ein Drittel dem Holocaust zum Opfer, den beiden anderen Dritteln gelang die Flucht nach Israel, Australien oder in die USA. Für die meisten war es eine Flucht ohne Wiederkehr, sodass heute nur mehr verlassene Friedhöfe und Synagogen an diesen Teil burgenländischer Geschichte erinnern.
Ein besonders wichtiges Ereignis in der Geschichte der jüdischen Gemeinden des Burgenlandes war die 1669 einsetzende Vertreibung der Wiener Juden unter Kaiser Leopold I.. Wieder hatte das jüdische Leben in Österreich sein Ende gefunden. Ein Teil der Juden wanderte in die Mark Brandenburg aus, andere gingen nach Böhmen oder Mähren. Eine direkte Auswanderung nach Westungarn scheuten hingegen viele wegen der Türkengefahr. So kamen etwa 50 der nach Mähren ausgewanderten Juden erst im Jahre 1675 nach Eisenstadt, nachdem Fürst Paul Esterházy sich bereit erklärt hatte sie aufzunehmen.
Paul Esterházy machte dies nicht aus humanitären Gründen sondern für ihn standen wirtschaftliche Interessen im Vordergrund. Aber auch die Juden profitierten von den Maßnahmen des Fürsten. So stellte er für die Judengemeinden Schutzbriefe aus, in denen der Status der jüdischen Gemeinden sowie die Rechte und Pflichten der Untertanen bis in kleinste Detail festgeschrieben waren. Die Juden bezahlten der Familie Esterházy Schutzgebühren für die ihnen eingeräumten Rechte und nannten sich stolz Hochfürstlich Esterházy Schutzjuden. Die Schutzbriefe erloschen auch nicht mit dem Tode des Grundherrns sondern wurden bei jedem Herrscherwechsel erneuert. Diese langfristig günstigen Rahmenbedingungen förderten natürlich die Entwicklung des jüdischen Lebens und erzeugten bei den Gemeindemitgliedern im Laufe der Zeit Gefühle der Sesshaftigkeit und der Heimatverbundenheit, sodass die nun im Land siedelnden 3000 Juden die sogenannten Siebengemeinden (hebräisch Scheva Kehillot) bildeten:
- Jüdische Gemeinde Eisenstadt
- Jüdische Gemeinde Mattersburg
- Jüdische Gemeinde Kittsee
- Jüdische Gemeinde Frauenkirchen
- Jüdische Gemeinde Kobersdorf
- Jüdische Gemeinde Lackenbach
- Jüdische Gemeinde Deutschkreutz
Es wurde den jüdischen Gemeinden auch die Niedere Gerichtsbarkeit übertragen. In weiterer Folge wurden jüdische Friedhöfe angelegt und Synagogen gebaut.
Die Reste des ehemaligen jüdischen Viertels in Eisenstadt sind im Bereich der Museumsstraße/Unterbergstraße, unweit vom Schloß Esterházy, heute noch vorhanden. Bemerkenswert ist zudem die original erhaltene Privatsynagoge des Samson Wertheimer. In diesem Haus ist nun das Österreichische Jüdische Museum untergebracht. An den Torbögen einiger Häuser sind heute noch Krüge zu sehen, welche an den Stamm der Leviten erinnern. Die gut erhaltene Sabbatkette aus dem Jahre 1875 wurde benötigt, um am geheiligten Ruhetag Sabbat die Gasse abzuschließen.
Das Österreichische Jüdische Museum hatte das große Glück, sich in einem historischen Gebäude der ehemaligen Judengasse von Eisenstadt einrichten zu können. Es befindet sich somit an einem Ort, an dem mehr als 250 Jahre lang eine namhafte jüdische Gemeinde angesiedelt war. Das Museum wurde schon 1972 als erstes jüdisches Museum in Österreich nach 1945 gegründet.
Der Alte Jüdische Friedhof Eisenstadt steht unter Denkmalschutz. Die nachweisbar älteste Datierung eines Steines auf dem Friedhof bezeichnet das Jahr 1679. Im Jahr 1875 war der Friedhof voll belegt. Eine Bestandsaufnahme im Jahr 1922 ergab 1.140 Grabsteine mit ausschließlich hebräischen Grabinschriften. 2010 befanden sich 1.104 Grabsteine auf dem Friedhof.
Auch in den Gebieten, die heute das südliche Burgenland bilden, siedelten sich in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts jüdische Familien an. So wohnten im Jahre 1697 in Stadtschlaining, das damals zum Herrschaftsgebiet der Familie Batthyány gehörte, 55 Juden. Ähnlich wie die Familie Esterházy im Norden war auch die Magnatenfamilie Batthyány den Juden wohlgesinnt und stellte für die jüdischen Gemeinden von Schlaining, Rechnitz und Güssing entsprechende Schutzbriefe aus. Zusätzlich zu diesen heute zum Burgenland gehörenden Städten entstanden auch noch in den ungarischen Städten Körmend und Groß-Kanisza entsprechende Gemeinden.
Während unter Kaiserin Maria Theresia die Judenpolitik noch zwischen den Extremwerten gänzliche Abschaffung des Judentums in Österreich und der Erlaubnis Fabriken mit christlichen Arbeiter betreiben zu dürfen schwankte, setzte ihr Sohn Joseph II. richtungsweisende Reformschritte, die bis in unsere Zeit nachwirken. In seinen Toleranzpatenten regelte er nicht nur die Rechte und Pflichten der Protestanten sondern auch die Juden erhielten an die jeweiligen örtlichen Gegebenheiten angepasste Patente. Während der Status der Wiener und niederösterreichischen Juden bereits am 2. Jänner 1782 festgeschrieben wurde, trat das Toleranzpatent für die ungarischen Juden erst am 31. März 1783 in Kraft. Die Juden waren nach wie vor Menschen zweiter Klasse, denen das Bürgerrecht verwehrt blieb, aber sie durften nun jedes Gewerbe ausüben. Außerhalb ihrer Ghettos durften sie jedoch nur wohnen, wenn sie eine Fabrik am offenen Land, die mit ihren Arbeitsplätzen dem Gemeinwohl dienten, gründeten.